康奈尔大学土木与环境工程系研究生阶段开设了土木与环境工程理学硕士（Civil and Environmental Engineering (M.S.)）：为期2年，属于研究导向项目，入读该项目的学生一般都是以PhD为最终攻读目的的。事实上，康奈尔土木与环境工程系极少招收只攻读MS项目的学生。该项目要求撰写毕业论文，无所谓修读学分，单纯以研究论文为主，是否需要补充修读学分课程由导师决定。该项目要求申请者本科毕业，拥有适当的工程学专业背景，环境方向亦可招收物理或数学专业毕业的学生。

同时，该系还开设了土木与环境工程工程学硕士（Civil and Environmental Engineering (M.Eng.)）：为期1年，共需修读30个学分，无需撰写毕业论文，而是以工程项目代替。该项目要求申请者本科毕业，拥有适当的工程学专业背景。该项目是就业导向的，无意从事研究工作或攻读PhD的学生，应当选择该项目。该项目同样可为进入PhD项目做准备