杜克大学生物医学工程系研究生阶段开设有生物医学硕士（Master of Engineering in Biomedical Engineering）：就业导向，为期1.5年。不要求撰写毕业论文，侧重于开设技术和商业课程Engineering and business courses，需要进行行业实习（built-in internship）。

生物医学硕士（MS）：30学分，为期1.5-2年，学术导向，旨在培养在学术界，行业内或政府中从事研究和技术开发事业的专业人才。课程方面自由度高，提供了2个 Options: Thesis or non-thesis，此外还提供多个研究领域，包括生物材料，生物工程，生物力学和力学生物学，免疫工程，组织工程与再生医学，神经工程等等，可以满足不同学生的学术研究兴趣。

生物医学理学硕士